Nó là sự giao thoa giữa loạt phim Lupin III và Case Closed và diễn ra sau phần phim truyền hình đặc biệt Lupin the 3rd vs Thám tử lừng danh Conan, ngoài ra còn kết hợp nhiều yếu tố khác nhau từ phần tiền nhiệm trong cốt truyện của nó. Cốt truyện kể về Conan Edogawa, người bắt đầu truy bắt Arsene Lupin III, kẻ tình nghi đã đánh cắp viên ngọc có tên Cherry Sapphire.